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基础医学和临床医学两个专业学制比较特别，都是五年制(或八年制)，本科毕业均授予医学学士学位,在主要课程上一般都会设置“人体解剖学”、“组织胚胎学”生理学”等。
其不同点是:基础医学培养的不是医生而是医学科研人员，要求学生掌握医学的基本理论基本知识和医学研究的基本能力，掌握医学实验的分析、设计方法和操作技术，熟悉基础医学教学工作的基本原理和方法。
临床医学培养的目标是临床医生,它是一门研究疾病的病因、诊断、治疗和预防，提高临床治疗水平,促进人体健康的科学。比如对于疼痛,临床医生会主要关注于如何治疗疼痛，减轻病人的痛苦，要讲究诊断的合理用药的科学。
而基础医学会研究疼痛是如何产生的,这个过程与哪些分子有关，它们是增多了还是减少了，也就是更多关注于疼痛的机制。
当然机制的研究也是有利于临床的，如果能清楚的知道是哪类分子引起疼痛，临床就会应用相应的药物来治疗。
因此，基础医学是临床医学的基础，它就如坚实的地基，如果没有基础医学，高楼无异于是空中楼阁，那么临床医学就只能还是停留在经验医学的水平上。若要更好的研究临床医学，就得打好基础医学这个基础。
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